Το Behaviour Analysis Certification Board έχει συντάξει τον Επαγγελματικό και Δεοντολογικό Κώδικα Συμμόρφωσης για Αναλυτές Συμπεριφοράς, ο οποίος προσφέρει σε γενικές γραμμές ωφέλιμες κατευθύνσεις για την εκπαιδευτική, θεραπευτική και οργανωτική εφαρμογή της επιστήμης μας. Ωστόσο, ο κώδικας αυτός περιέχει οδηγίες για την εφαρμογή της τιμωρίας, εφαρμογή με την οποία η Ελληνική Κοινότητα Ανάλυσης Συμπεριφοράς διαφοροποιείται έντονα. Πράγματι, παρά τη δυσφήμιση, ο συμπεριφορισμός ούτε "εφηύρε" ούτε ταυτίζεται με την επιβολή της τιμωρίας. Αντίθετα, ο ιδρυτής του σύγχρονου συμπεριφορισμού B.F. Skinner εξέφρασε σφοδρή εναντίωση στην τιμωρία κατόπιν πειραματικής ανάλυσης των επιδράσεων και επιπτώσεών της. Εξάλλου, η τιμωρία (η κατόπιν εκδήλωσης δράσης παροχή δυσάρεστων γεγονότων ή αφαίρεση ευχάριστων γεγονότων) εφαρμόζεται ευρέως στην οικογένεια, στο σχολείο, στο χώρο εργασίας και σε όλα τα κοινωνικά πλαίσια παρόλο που η χρήση αυτή δεν αναγνωρίζεται από αυτούς που την εφαρμόζουν. Οι αναλυτές της συμπεριφοράς, οι οποίοι κάνουν χρήση της τιμωρίας τουλάχιστον δηλώνουν ότι το κάνουν και το κάνουν μόνο σε ορισμένες συνθήκες: όταν η παρέμβαση με θετική ενίσχυση έχει αποτύχει. και τότε σε συνδυασμό με τη θετική ενίσχυση υπό την εποπτεία ειδικής επιτροπής. Παρόλα αυτά, μιας και η επίδραση της τιμωρίας βασίζεται στην ενίσχυση (βλ. Ψυχολογία της Συμπεριφοράς, Κεφάλαιο 6) και της δικής μας εμπειρίας ότι είναι πάντοτε εφικτή η έγκαιρη μείωση της συχνότητας της εμφάνισης μη επιθυμητών συμπεριφορών μέσω της ενίσχυσης ασυμβίβαστων επιθυμητών δράσεων, επιστημονικά και δεοντολογικά η συστηματική και εκτεταμένη εφαρμογή της τιμωρίας δεν δικαιολογείται σε οποιαδήποτε συνθήκη.
Σε όσους πιστεύουν ότι η εφαρμογή της τιμωρίας προκύπτει από τον συμπεριφορισμό αξίζει να επισημάνουμε ότι αντί αυτού είναι οι αποτελεσματικές εναλλακτικές στην τιμωρία ρυθμίσεις του περιβάλλοντος για τη μείωση της συχνότητας της εκδήλωσης ανεπιθύμητων συμπεριφορών που προέκυψαν από την ανάλυση της συμπεριφοράς.